현행 연구및인력개발비세액공제는 조세특례제한법에 의거 오래 전부터 실시하였는데 그 부작용이 기대효과보다 훨씬 커 시급한 폐지 혹은 대체가 필요합니다.
1. 부익부빈익빈현상: 이익나는 기업에 대하여만 세액공제를 허용하므로 이익이 나는 기업들만 혜택을 봅니다.
2. 벤처기업의 활성화에 도움이 되지 않습니다. 초기 벤처기업들은 거의 이익이 나지 않으므로 연구개발비 세액공제 효과는 아주 미미합니다.
3. 연구인력의 대기업집중화 초래: 대기업의 연구소에서 이들 연구개발비 혜택을 활용하여 중소벤처기업의 연구인력을 몽땅 흡수해가고 있습니다. 지금 벤처기업에서는 연구인력을 찾기가 매우 힘듭니다. 병특이 끝나면 대부분 급여수준이 확연히 차이나는 대기업으로 이직하고 있습니다.
4. 소득이 높은 대기업 실질법인세율이 중소기업의 법인세율보다 오히려 낮은 현상이 발생하여 조세정의를 심각하게 악화시키고 있습니다.
5. 연구인력개발비 세액공제 대상비용이 명확하게 정의되기 어려워, 기업들로 하여금 조세탈루를 유발하고 있습니다. 아직 국내의 기업들의 회계시스템이 정비되어 있지 아니함. 따라서 국세청이 세무조사시 항상 다툼의 여지가 있습니다.
6. 신성장동력이니 원천기술분야 기업에는 세액공제율이 월등(최고 30%?)한데, 대상이 아닌 기업들에 비하여 더 많은 세액공제를 받아야 할 이유가 없으며 불공평한 처사입니다. 특히 이들 분야가 주로 대기업에 몰려 있어 문제이고, 다른 형태의 규제에 해당합니다.